Der Hochalter wurde von Johann Bernhard Fischer von Erlach konzipiert. Das Bild am Hochaltar, die Aufnahme des heiligen Karl Borromäus in den Himmel darstellend, ist von Ferdinand Maximilian Brokoff ausgeführt worden. Das große runde Glasfenster hoch über dem Hauptaltar mit dem hebräischen JHWH-Tetragramm symbolisiert Gottes Allmacht und durch seinen warmen Gelbton gleichzeitig Gottes Liebe. Über den Halbsäulen am Gebälk thronen die vier lateinischen Kirchenväter. Links und rechts befinden sich oben die Oratorien in welchen der Kaiser den Messen beiwohnte.
Karl Borromäus (Carlo Borromeo 1538-1584), Erzbischof, Heiliger (seit 1610). Er begründete die Alpenseelsorge und ein Priesterseminar, aber war als Vorsitzender der Inquisition auch für Hexenverbrennungen verantwortlich. 1566 gründete er den „Goldenen Bund" (sieben katholische Schweizer Kantone) gegen den Protestantismus. Er begründete die Alpenseelsorge und ein Priesterseminar, aber war als Vorsitzender der Inquisition auch für Hexenverbrennungen verantwortlich. 1566 gründete er den „Goldenen Bund" (sieben katholische Schweizer Kantone) gegen den Protestantismus. Als in Mailand 1576 die Pest ausbrach und der Adel floh, richtete er im Erzbischöflichen Palais ein Spital ein, verkaufte den Kirchenschatz und pflegte die Kranken persönlich. Borromäus ist Schutzpatron der Universität Salzburg sowie der Seelsorger und Priesterseminaristen. Er wird bei Pestepidemien angerufen.
Die vier lateinischen Kirchenväter
Hl. Augustinus: 394 Bischof von Hippo in Nordafrika, Begründer der Mönchsregel und des Ordens der Augustiner, dargestellt als Bischof, als Attribute oft ein pfeildurchbohrtes flammendes Herz als Symbol der göttlichen Liebe bzw. ein Kind mit einem Löffel oder einer Muschel. Das Kind wollte damit das Meer ausschöpfen und der Heilige machte es darauf aufmerksam, dass dies nie gelingen würde. Das Kind stimmte zu und bemerkte, dass es genauso unmöglich sei, das Geheimnis der Allerheiligsten Dreifaltigkeit zu ergründen.
Hl. Gregor: Papst Gregor I. der Große, Sohn einer römischen Senatorenfamilie, wird Christ und 590 Papst, dargestellt als Papst mit der Taube als Zeichen der Inspiration durch den Hl. Geist und der Figur des durch ihn aus dem Fegefeuer erlösten Kaisers Trajan
Hl. Hieronymus: 4. Jh., lebte drei Jahre in der Wüste als Einsiedler, wurde dann Priester, war Berater von Papst Damasus in Rom, dargestellt als Kardinal am Schreibpult sitzend oder als büßender Einsiedler kniend, bei ihm ist der Löwe, dem er der Legende nach einen Dorn aus der Tatze gezogen haben soll und der in daraufhin ständig begleitete, mit Totenkopf – Symbol des Todes
Hl. Ambrosius: 374 Bischof von Mailand, dargestellt als Bischof, mit einem Bienenkorb und einem Kind in der Wiege - Bienen legten der Legende nach Honig in den Mund des Kindes - Symbol der Beredsamkeit („honigsüße Rede“)
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